אבוג'ן מודיעה על השקת הפלטפורמה החישובית Gene2Product™

מערך משולב של טכנולוגיות לשיפור יעילות של תכונות בצמחים, המאפשר לחברה לספק לשותפיה מוצר משלים לאופן השימוש המועדף בגנים לפיתוח זרעים ביוטכנולוגיים
חברה מובילה בפיתוח תכונות משופרות בצמחים לחקלאות העולמית ולתעשיית המזון והדלקים האלטרנטיביים, הודיעה היום על השקת Gene2Product™ ורסיה 1.0, פלטפורמה חישובית ייחודית שפותחה לביצוע אופטימיזציה של תפקוד גנים ('mode of use') שנבחרו לפיתוח זרעים ביו טכנולוגיים. תהליך האופטימיזציה של גנים כולל, בין היתר, בחירת הרצף הספציפי המתאים ביותר לשיפור התכונה, אינטראקציות בין הגן הנבחר לגנים שונים, רמת ביטוי ומיקום הביטוי של הגן בצמח ואינטראקציות של הגן הנבחר עם הסביבה.

בשנים האחרונות, אבוג'ן התקשרה בהסכמים עם חברות זרעים בינלאומיות, במסגרתם החברה השתמשה בפלטפורמת ה- Gene2Product™ כדי לבצע אופטימיזציה של ביצועי הגנים שגילתה בצינורות הפיתוח של שותפיה. עם השלמת הוורסיה הראשונה ניתן יהיה ליישם את הפלטפורמה בהיקף רחב, בין היתר גם במסגרת הסכמים אלו.

על מנת לשפר גידולים חקלאיים, מתרכזים מאמצי המחקר בתעשיית האג-ביוטק בעיקר במתודולוגיות שונות לזיהוי הגנים המשפיעים על תכונות היעד, כגון שיפור יבול, עמידות לתנאי סביבה קשים ועמידות בפני מזיקים. יחד עם זאת, השיפור בפועל שנראה בשדה תלוי, במידה רבה, לא רק בקיומו או בהעדרו של הגן המשפיע על התכונה, אלא גם בגורמים רבים נוספים המשפיעים על הגן, כגון: הרצף הספציפי המתאים ביותר לשיפור התכונה, אינטראקציה עם גנים אחרים, הרקמות בהן הגן בא לידי ביטוי, רמת הביטוי והביצועים של הגן תחת מצבים סביבתיים משתנים ועוד.

פלטפורמת Gene2Product™ מתמקדת במציאת דרכים למיצוי הפוטנציאל הגלום ב- 'mode of use' של הגנים הנבחרים, תוך שימוש במערך של ארבע תת-פלטפורמות, כאשר פיתוח תת הפלטפורמה הרביעית צפוי להסתיים במהלך 2013. כל אחת מתת הפלטפורמות מבוססת על אלגוריתמים מתקדמים לניתוח כמויות עצומות של מידע גנומי ופנוטיפי, כאשר מאגרי נתונים אלו מבוססים על מידע ייחודי שיוצר על ידי החברה וגם ממקורות ציבוריים, והיקפו למעלה מ-250 טרהבייטס (terabytes). בסיס מידע זה כולל למעלה מ-10 סוגי מידע גנומי ופנוטיפי שונים, שמקורם בלמעלה מ-200 מיני צמחים.
ד"ר חגי קרחי סמנכ"ל בכיר לפיתוח ו- CTO באבוג`ן מסר: "אנו מרוצים מאוד מההכרה וההערכה כלפי טכנולוגיות גילוי הגנים שלנו - ATHLETE™ על ידי חברות מובילות בתחום האג-ביו, המתבטאות בשיתופי הפעולה שלנו עם חברות זרעים מובילות בגידולי המזון החשובים ביותר בעולם. כעת, עם התווספות הפלטפורמה החישובית המשלימה שלנו, Gene2Product™, אנו רואים הזדמנות להשגת שיפור משמעותי ביעילות ביטוי הגנים והסתברות גדולה יותר להצלחת זרעים ביוטכנולוגים, המבוססים על הגנים שהחברה גילתה".

עופר חביב, נשיא ומנכ"ל אבוג'ן הוסיף: "אנו שמחים לדווח כי פלטפורמת ™ Gene2Product מיושמת בהצלחה בתוכניות פנימיות באבוג'ן וכן במחקר השוטף שלנו במסגרת שיתוף הפעולה עם חברת מונסנטו ושותפים אחרים. יתר על כן, אנו מאמינים שהפלטפורמה תהפוך לרכיב מהותי ובלתי נפרד בכל פעילויות שיפור הצמחים שלנו בעתיד. "


להלן פירוט אודות תת-הפלטפורמות המרכיבות את פלטפורמת ה- Gene2ProductTM:

• - Planet (Plant Network) תת-פלטפורמה לשיפור תכונות בצמחים על ידי חיזוי השילוב המועדף של גנים אותם יש לבטא יחד (stacking gene), באופן שישפיע מיטבית על התכונה הרצויה. ביטוי של מספר גנים יחד בצמח עשוי להוות פתרון מפתח להתמודדות טכנולוגית עם תכונות מורכבות, כגון יבול. Planet מספקת המלצות על קבוצות גנים אשר אם יבוטאו יחד ישפרו את תכונת המטרה, זאת תוך שימוש בשכבות מידע רבות אודות אינטראקציות בין גנים, שמקורם במיני צמחים שונים. Planet בוחנת מיליוני שילובי גנים אפשריים – אותם היא מעריכה ומדרגת על פי יכולתם לתרום לתכונת הצמח אותה רוצים לשפר. בנוסף למידע נרחב מצמחים, בתת-פלטפורמה זו נעשה שימוש גם במידע ממינים אשר אינם צמחים, כגון שמרים.

• GeneSpec (Gene Spectrum) – תת-פלטפורמה לשיפור יעילות התכונה, על-ידי זיהוי המבנה המולקולארי המועדף של הגן בגידול הרלוונטי. GeneSpec מנתחת את סך ספקטרום גרסאות הגן (כולל אללים ואורתולוגים) ובוחרת מספר מינימאלי של גרסאות של הגן אשר תייצגנה את מרחב הגרסאות כולו. בחירה זו נעשית על ידי זיהוי וקיטלוג של עד אלף גרסאות אפשריות של הגן, תוך כדי שימוש באלגוריתמים חדשניים אשר קושרים בין רצפי גרסאות הגנים לתפקודיהם ומחלקים אותם לקבוצות משנה. אלגוריתמים חדשניים אחרים מדרגים את תפקודם של הגנים בקבוצות השונות על פי יכולתם לשפר את תכונת המטרה בצמח ובהתאם נבחר המדגם המייצג.

• RePack (Regulation Package) – תת-פלטפורמה לשיפור יעילות הגן המשפיע על התכונה על-ידי חיזוי דפוס הביטוי האופטימאלי של הגן בצמח. חיזוי זה כולל את הביטוי הרצוי של גן ברקמת הצמח, תזמון הביטוי, רמת ביטוי והיבטים אחרים, על מנת לשפר ביצועי הגן. RePack עושה שימוש באלגוריתמים וכלי ויזואליזציה מתקדמים כדי לספק תובנות העולות מניתוח חוצה מיני צמחים וחוצה תנאי גידול (רקמות, טיפולים, שלבים ההתפתחותיים ועוד) על מנת לחדד את פרופיל הביטוי הרצוי של הגן בצמח לשיפור תכונת היעד בצמח המטרה.

GeneDex (Gene Index) – תת-פלטפורמה המיועדת להשתלב בפלטפורמת Gene2Product במהלך 2013 , לזיהוי רמת היציבות של גנים אשר מבוטאים בזנים שונים (בעלי רקע גנטי שונה) או בתנאי סביבה שונים של גידול הצמח. תת הפלטפורמה תחזה מדד יציבות עבור כל גן בהתייחס לצמח המטרה והתכונה הרצויה בו – מדד אשר יאפשר תעדוף הגנים בהיבט של יכולת הכנסת הגן לזני צמחים שונים ובסביבות גידול שונות, וזאת מבלי לפגוע בתרומת הגן לתכונת הצמח הרצויה. הפיתוח של תת פלטפורמה זו צפוי להסתיים במהלך שנת 2013.

אודות אבוג'ן:
אבוג'ן הינה מובילה עולמית בזיהוי ופיתוח תכונות משופרות למגוון גידולים חקלאיים תוך שימוש בגנומיקה בצמחים. החברה מתמקדת בשימוש בטכנולוגיות גנומיות חישוביות ייחודיות על-מנת לספק פתרון כולל לשיפור תכונות בצמחים, על-ידי שילוב של ביוטכנולוגיה ושיטות טיפוח מתקדמות, בדגש על ארבעת תחומי הפעילות של החברה: יבול ועמידות לתנאי סביבה קשים, עמידות בפני מזיקים ומחלות של צמחים, אגרו-כימיקלים וביופיול. לאבוג'ן שיתופי פעולה עם חברות הזרעים המובילות בעולם במטרה להציג את הטכנולוגיה שלה לגידולים מסחריים, אשר מבוססים על תשלומי אבני דרך ותמלוגים ממכירות של זרעים משופרים. משרדיה הראשיים של החברה ממוקמים ברחובות, ישראל ומניית החברה נסחרת בבורסת תל-אביב תחת הסימול – אבגן. לפרטים נוספים ראה אתר האינטרנט של החברה: www.evogene.com