ממבצע ביקורת ארצי של מס הכנסה בעמותות עולה כי בקרב 18% מהעמותות שנבדקו לא נרשמו הכנסות כנדרש על פי החוק

כך עלה במבצע ביקורת ארצי, שהתמקד בעמותות שונות, במיוחד מתחום החינוך. במהלך המבצע נערכו 89 ביקורות במשרדי השומה השונים בארץ
ביומנה של עמותה בתחום הדת נמצא כי אירועים שנערכו במבנה העמותה בשנת 2018, ובעבורן קיבלה העמותה תשלום בגובה 2,500 ₪, עבור כל אירוע, לא תועדו בספרי עמותה ואף לא הוצאו קבלות בעבורן. בעמותה אחרת, אף היא מתחום הדת, נמצא שהעברה בנקאית שהועברה לעמותה בגין שכר לימוד ולא בגין תרומה, לא נרשמה בספרים כנדרש. מהנהלת העמותה נמסר למבקרים: "המזכירה היתה בחופשת לידה". בעמותה מתחום החינוך, נמצאו 4 צ'קים על סך 1,000 ₪, שלא הוצאה כל קבלה בגינם. בעמותה נוספת מתחום החינוך, נמצאו 2 צ'קים בסכום של 2,880 ₪ שלא הוצאו קבלות בגינן ולדברי המנהל זה קרה היות שההורה אמור להחליף את הצ'קים בכסף מזומן.

בעמותה לחינוך תורני לא הוצאה קבלה עבור תשלום מהורה בסך 15,000 ₪ ששולמו במזומן. מנהל העמותה טען שהתשלום התקבל לפני מספר ימים. בעמותה לחינוך תורני נוספת נמצא כי באופן קבוע לא מוציאים קבלות חודשיות ושנתיות על תשלומים ששולמו לעמותה באמצעות הוראת קבע. מנהל העמותה מיהר להסביר: "לא ידענו". בעמותה לרווחת אנשים בעלי צרכים מיוחדים לא הוצאה קבלה עבור תרומה בסך 11,000 ₪. מנהל הכספים של העמותה הסביר: "העובדת שמטפלת בקבלות נמצאת בחופשה ולכן לא נוכל להציג בפינכם את הקבלה. כשתחזור העובדת מהחופשה נמציא לכם את הקבלה..."

מבצע ניהול ספרים ארצי בעמותות נערך במטרה להביא לשימור יכולת ההרתעה והאכיפה, הוראות ניהול פנקסים וחובת רישום הכנסות כחוק, גם בקרב עמותות.